1988—2000年，珠海全市建立的自然保护区共有9个，保护区面积62366公顷，占陆地面积38%。

　　农田保护

　　1993年，珠海市根据土地适宜性、生产劳动地域分工、农产品市场需求，确定基本农田保护区3万公顷（45万亩）。

　　森林资源保护

　　至1996年，全市有林业用地51711.8公顷，林地主要分布在市区的凤凰山、大镜山、板樟山及斗门县的黄杨山、五山等地区。林木主要是次生林和人工林，次生林包括针叶林和疏幼林，多以马尾松为主，分布在低山、丘陵区；人工林以台湾相思为主，海岸沿岸有人工种植的大片木麻黄林。建市后至1996年，全市共投人7498万元绿化资金，完成山地造林、疏林地改造作业面积55999公顷，绿化植树1600万株。到2000年，绿化覆盖面积16623万平方米，其中建成区绿化面积为 2560万平方米，绿化覆盖率43.76%；公共绿地面积1060万平方米，人均拥有公共绿地面积24.29平方米，森林覆盖率32.9%。

　　生物多样性保护

　　2000年，全市野生动、植物物种资源较丰富，海洋生物资源充足，各级政府重视生物多样性保护工作。全市有十多种受国家保护的I、Ⅱ级野生动物。海岛上有鸟类96种。在淇澳岛红树林生态保护区中，有两栖动物15种。

　　饮用水源地保护

　　2000年，全市划定的饮用水源地保护区面积73.56平方千米，有南沙湾、平岗、挂碇角、广昌、黄杨河等取水点受保护，全市有大镜山、吉大、竹仙洞、唐家水库等35个饮用水库。